La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta numele de Chiriacu, făcea parte din plasa Marginea a județului Vlașca, și era formată din satele Beiu, Chiriacu și Moșteni-Călărășani, cu o populație totală de 2547 de locuitori, dar și din satul nelocuit Măcărău. Existau în comună o moară și o școală cu 60 de elevi, La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei mai funcționa în aceeași plasă și comuna Ciolanul-Pangăl, formată din satele Ciolanu și Petru Rareș, cu 570 de locuitori. În aceasta existau și două biserici.

Anuarul Socec consemnează comunele în plasa Dunărea a aceluiași județ; comuna Chiriacu avea 3498 de locuitori în satele Beiu și Chiriacu, iar comuna Ciolanu avea 681 de locuitori în satul de reședință. Atunci se înființase pe teritoriul de astăzi al comunei și comuna Radu Vodă, având 1392 de locuitori în satele DimitrieCantemir, Dimitrie Sturdza, Moșteni-Călărășani, Radu Vodă și în cătunul Trupu-Buciumeni. În 1931, comunei Ciolanu i s-a alipit și satul Petru Rareș, de la comuna Pângălești.

În 1950, comunele au trecut în administrarea raionului Giurgiu și apoi, în 1952, raionului Drăgănești-Vlașca din regiunea București. În timp, comuna Chiriacu și-a mutat reședința la Beiu, iar comuna Radu Vodă, la Dimitrie Cantemir.

Comuna și satul Beiu au luat în 1964 denumirea de Izvoarele, iar comuna și satul Ciolanu — pe cea de Valea Bujorului.

În 1968, comunele au trecut la județul Ilfov, comunele Dimitrie Cantemir și Valea Bujorului fiind desființate, iar satele lor incluse în comuna Izvoarele. Tot atunci, au fost desființate satele Buciumeni (comasat cu Dimitrie Cantemir) și Dimitrie Sturza (comasat cu Radu Vodă).

În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Giurgiu.